同样是金字塔的结构，但其粘合各阶层的介盾不一样。
蚂蚁、蜜蜂的社会，同类之间进行消息交流传递，如皇后对手下们的控制，是通过信息素。
而脑虫的文明，则是依靠其心灵力量的特殊性质能量，来确认阶层中的等级权威。
钟钧秀喜欢稳定，不喜欢变数，自然会把他自己的本体做为最高君王，以此发展金字塔式的全新文明社会。
他并不需要把自己当成产卵皇后，只要通过采集他的基因细胞，再进行基因工程的tiáo整剪接，加入寄生系统的模块，就可以克隆出具有寄生能力的皇后分身。
因此，在如今可以说是2.5阶段的时候，已经可以开始植入主脑基因的准备了。
植入过程，并不是以他本体立即开始，而是使用了之前生产的大量普通克隆体，也是完全和他本体基因一样的克隆体，先进行测验。
在基里的一个模拟社区里，第一个月。
钟钧秀同时控制着几百具的克隆体开始生活，这些克隆体都植入了主脑基因，不过全是植物人，必须依赖他的心灵控制才能活动，平时则是身体体征正常但没有意识波动的植物人。
由于接下来是要直接应用于自己本体的身上，钟钧秀对这次的测验特别小心谨慎，启用了大量的真实克隆体进行现实环境里的测验，同时皇后也在尽力模拟着各种极端环境下，对这具身体造成的不良影响。
这就像一支团队重新打造了一套全新的电脑系统，为它装了所有市面上的游戏程序、办公软件、虚拟系统等东西。
一个月又一个月，又一个月的过去。
克隆体们从社区走出到外面的草原、河流、高山、城市、荒野、沙漠、深海……
无数的克隆体一具具的死去，换来实际应用于人体的种种会导致身体崩溃的严重问题、以及各种预期内外的其他问题，都正被一点点的清除修复，日渐趋于完善。
时间很快来到了主角“黑光原型体”的登场，它才是虐杀原形这个世界的初代剧情主角，一堆吸收了科学家亚历克斯记忆的黑光病毒。
钟钧秀只是不时听下麦克穆兰的汇报，并不打算干涉这个世界，对他来说，这个世界仅仅是个过渡，是让他安静下来研究一段时间的。
没有什么意外，亚历克斯发现自己复活后，为了寻找身体所发生的疑问“我是什么”的答案，在他的妹妹达娜帮助下，开始了和黑sè守望组织间的较量。
随后，他潜入了gentek公司的总部并释放了最初成功感染上红光病毒的格林，然后又找到了麦克穆兰，并将“他”杀死。
实际上那只是一具克隆体，钟钧秀在新西伯利亚科技城建立的克隆工厂是应用了生化危机世界得到的克隆技术，有着一套成熟的系统，植入原体的记忆并不是什么难事。
麦克穆兰死了之后，也来到了新西伯利亚科技城，为钟钧秀的大计添砖加瓦的辛勤工作。
最后认为曼哈顿区无法控制会失控的黑sè守望组织，采用了和安布雷拉公司一样的做法。
核弹清洗！
然而亚历克斯阻止了这一悲剧的发生，随后默默的离开曼哈顿区，开始尝试新的生活。
