台湾海峡之战，天策军的火力让郑芝龙印象深刻。为了抵挡天策军可能得入侵，在郑家海上收益萎缩的情况下，郑芝龙依然投入大量资金用于陆上防御设施的建设。
郑芝龙清楚自己与天策军之间的实力悬殊，因而一方面设法寻找外援，搜罗欧洲式的船炮，一方面也竭力加强了晋江安平、厦门一带的防御。
他派人从广东设法购买了十几门最大最重的红夷大炮，修筑了炮垒，用来加强金门岛和安平的防御。
另外，还在晋江安平港的入口处设置了铁链木排，以防天策军的舰船闯入。除了在福建招募陆勇，还在澳门等地招募熟悉火器使用的黑人和日本人，购买了大量的火绳枪。
安平、厦门、金门、泉州、漳州等地在这一年多里，一直都在构筑防御工事。
此时的郑芝龙正在厦门，厦门岛是郑家的主要外贸港，当初郑芝龙多次进攻月港，焚毁街区，掳走船只，目的就是为了迫使海商们将贸易转移到厦门进行。这个岛虽不甚大，但是受外贸商业繁盛的恩惠。经济颇为繁荣，所以厦门算是因郑家而繁荣起来。
郑芝龙的核心基地有两个，一个是晋江安平，一个就是厦门。
晋江安平隶属泉州府，它的位置并不在晋江流入的泉州湾，而是面临露出金门岛的围头湾。
郑芝龙把安平的城墙做了大修，几乎重筑了一座新城。安平成为郑芝龙拥兵自守的军事据点和贸易基地，日本、台湾进行贸易的船只都由这里出入。荷兰人称这些商船为“安海船”。
他选择安平作为自己的根据地是经过深思熟虑的。安平镇和在他控制下的厦门岛（中左所）、大小金门岛，构成了一个严密的控制下的围头湾。敌人要进攻这里，都要冒极大的风险。
中左所又称厦门城，原是防备倭寇的卫城，被郑芝龙占据后，成为了郑氏在陆地上的又一座军事重镇。
中左所城所在地正是后来的厦门大学。背倚五老峰，面朝大海，从风水上讲是典型的北山南水的理想配置。五老峰梯次的五座山头形状又恰像一把太师椅，很符合“加官进爵”的意思，所以盘踞了厦门岛后。郑芝龙毫不客气地拿所城来当自己的陆军驻地了。
所城中心的原千户所的衙署大堂，现在是郑芝龙的议事厅。郑联回来了，带来了王越的口信，这令郑芝龙惊疑不定。
“那王思华只说让我见他，没说别的？”郑芝龙问道。
郑联道：“大哥，他只说了这些，没说别的。”
能够重见天日的郑联，哪里敢细问王越。
一旁的郑芝豹道：“大哥，那台北去不得，要是去了肯定是有去无回。”
郑芝龙默默地点了点头，王越也没说怎么处置他，就是让他带着长子郑森前往台北见他，说真的，他还真没有勇气去。郑氏虽然败了一场，却还没有到了山穷水尽的地步。
老四郑芝凤(郑鸿逵)道：“天策军如今又拿下了马尼拉和巴达维亚，西班牙人和荷兰人都不是其对手，如若天策军要进攻我漳泉厦，该如何抵挡？”
郑芝龙道：“传令兄弟们加强戒备，防止天策军突袭。哼，这里不是马尼拉和巴达维亚，更不是辽东。”
