一月十日，松平信纲率领的黑田、锅岛、立花、细川、水野、有马等诸侯联军十一万三千人到达原城。
松平信纲首先发动试探性进攻，就阵亡了两千多人，却一无所获。义军有城墙可以依仗，有先进的三七式步枪和火炮在手，仅阵亡八十六人，因此士气大振。
之后松平信纲竟然逼迫从长崎征调而来的荷兰商船提供炮火支援，荷兰商船“巴达维亚号”无奈之下向原城发动了炮击。原城内的义军随即猛烈还击，新嫩的炮手们依靠三七式火炮的射程和射速，将“巴达维亚号”重创而走。
松平信纲这才发现义军的火力不弱，于是下令围城，期待城内弹尽粮绝时再一举攻破。期间幕府军尝试挖坑道破城无效后，又把天草时贞的母亲、姐姐等抓来当人质来瓦解义军军心，也没有奏效。围城反而给了义军熟悉新式武器的时间。
二月二十八日，松平信纲下令发动总攻，义军与幕府军围绕着原城展开了惨烈的攻防战。
一万多义军嘴里念着神的教诲，与十倍于己的幕府军奋勇搏杀。这场攻防战连续打了三天，虽然幕府军队的兵力占了绝对优势，但是面对依城而守，武装起来的义军竟然伤亡惨重，三天的时间就阵亡三万多人，义军仅阵亡两千五百多人。
面对辉煌的战果，义军越战越勇。三月三日，东王安陪经三率领本部杀出城外，兜击幕府联军后路，火烧联军粮草，幕府联军开始慌乱。
眼看形势不妙，小仓藩将领小笠原忠真首先率领本部退却，熊本藩将领细川忠利紧随其后，熊本藩是此次联军的主力，他们的退却犹如多米诺骨牌，幕府联军终于雪崩。
义军见势全军出击，幕府联军一路丢盔卸甲，大败而走。
以阵亡三千八多人的代价，击败了十一万幕府联军，斩敌四万多人，义军一时间声威大震，各地百姓纷纷来投，义军很快发展到八万人。
三月二十二日，义军包围了熊本城，熊本城是九州大城，而熊本藩也是九州的强藩，所以熊本城的守卫力量非常强大。
惨烈的熊本城攻防战打了半个月，义军由于缺乏训练，终于以伤亡一万五千人的代价攻破了熊本城。
由于伤亡太大，“天王”天草时贞下令屠城，把所有不信天主教的城民全部杀死。屠城的目的就是要抢夺财物，筹集军费用于购买军火，另一个目的就是震慑幕府。
联军大败，熊本城被屠，消息传到整个东瀛，整个东瀛上下无不震动，幕府大惊！
德川家光一面再次组织联军，一面通过长崎的商人向西洋人发出求助，希望能够买到更多的大炮和军火。
义军崛起，熊本城被屠，九洲岛大乱。三月二十六日，又一条消息震惊幕府，平户藩藩主松浦九信以一名自家武士在肥前藩佐贺走失为由，突然出兵肥前藩，占领佐贺城，平户藩实现了初步的扩张。
肥前藩在本时空不算大藩，但是比小小的平户藩实力不知强了多少倍，竟然被平户藩一击即溃，毫无还手之力，领地也被吞并，惊掉了一地的眼珠子。
