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马士英花了两天的时间才控制了南京全城，期间，卢九德的京营对一切事情都保持了观望的态度，这也帮助了马士英等人得以顺利的铲除少部分忠于义兴皇帝的朝臣和部队。
福王朱由崧踏着满地的鲜血，终于走进了南京皇城，按照马士英等人的想法，在这里，他将成为新一任大明的君王。
新的年号也已经确定，在为义兴皇帝举办过盛大的安葬仪式之后，明年，将是崭新的弘光元年。
对于义兴皇帝的死，诸多朝臣倒是没有过多的探究。其实，每个人都明白这背后的博弈，对于大明的朝臣来说，义兴皇帝和崇祯皇帝都并不是他们心中完美的皇帝形象。
“天子与士大夫共治天下！”但对于士大夫来说，这天下，有他们便足够了。
士大夫心中所谓的义兴“专断时代”匆匆结束，从头到尾不过一年的时间，这让满朝的大臣，尤其是东林党人兴奋莫名，在他们看来，马士英等人不过是些弑君的叛臣，自古以来邪不压正，他们迟早会被东林正义的力量清除出朝堂。
而即将上位的朱由崧，由于得位不正，也无法对朝政产生什么巨大的影响，所以说，将来的大明朝堂，将会是东林的天下，清风正气，将会充盈整个大明中枢。
马士英则对这一切冷眼旁观，宦海浮沉二十余载，对于朝臣们的党政他早已看穿。所谓的东林除了少部分干臣之外。其余的大部分都不过是趋炎附势之徒，借助于东林的名望和影响，满足自己的个人目的。现在的朝堂。手中有兵权才是最重要的，刘良佐两万人马，兵不血刃，便能轻易的攻克南京就充分的说明了这一点。
但出乎意料的是，刚刚安稳下来没几天，二月初五的时候，南京城中便出现了混乱的情况。刘良佐约束麾下的兵马不利。入城时的劫掠并没有完全消除，虽然马士英严令他必须控制住麾下兵马。不能再出现类似的情况，但却是没有达到预期的效果。
这一点，令刘良佐都很惊诧。麾下的兵马不知道是怎么一回事，居然有愈演愈烈的趋势。从劫掠普通百姓，开始转向南京城中的豪族、乡绅，甚至于朝中的大臣。
刘良佐虽然是个武夫，但也知道，这个时候万万不能出什么乱子。派出心腹纠察军纪，彻查此事，却是始终没能得出一个确切的结果，但有一点可以肯定，似乎是有人在暗中推波助澜。挑唆、怂恿自己的士卒在城中搞出这么多事情来。
消息送到马士英手中，马士英顿时起了警觉，但想要彻底调查清楚。眼下又着实没有能力。南京初定，朱由崧登基的事情边让马士英焦头烂额，还要想方设法将自己的弑君的事情一点一点的抹去，实在是殚精竭虑，忙的不亦乐乎。现下哪有时间来调查这样的事情。
无可奈何之下，马士英只得拜托卢九德。请京营负责南京城中的治安。但即便是如此，二月初五的晚上。仍是有十余位大臣家中遭到了洗劫，抢劫财货不说，还杀死了其中的五位朝臣。
偏偏这十余人还都是东林一党中的骨干成员，如此一来，钱谦益、黄宗羲这些东林首领可是再也无法忍耐了。
凌晨时分，便有千余名官员和儒生聚集到宫门之外，声称要严惩刘良佐和肇事凶手。马士英少不得要四方奔走，好不容易才将事情给压了下来。
但东林党人却将马士英和刘良佐视为了死敌。
转过天来，京师中发生了数起对抗事件，便是儒生和刘良佐的兵马起了冲突，手无寸铁的儒生吃了大亏，被杀的血流成河，两百多条无辜的生命葬送在刘良佐的刀剑之下。
这样一来，马士英便再也无能为力了，只能眼睁睁的看着南京城中的局面一天比一天糟糕。这时候，他只能频频向黄得功、郑芝龙和左梦庚发出书信，要他们日夜兼程，尽快赶至南京，平息城中的变乱。
但期盼中的援兵没有到来，却是得到了一个更加令马士英崩溃的消息。
朱平安在山东起兵，将朱由崧、马士英等人列为叛逆，昭告天下他们的谋逆弑君之举，山东军杨廷麟数万精锐之师开始南下。淮扬、江西、广东纷纷响应，共推唐王朱聿键监国南京，各路人马纷纷向南直隶一线挺进。
而其中最令人意想不到的是，福建郑芝龙竟然顷刻间改换了门庭，加入到讨逆大军的行列中，举兵七万沿江北上。
山东军岳锦峰和仇泽两部，从睢州一线向左梦庚发动进攻，左梦庚抵挡不住山东军的炮火，只得退守鹿邑，依靠本身的十余万兵马据城防守。
而杨廷麟所部也进入河南，联合岳锦峰和仇泽共击左梦庚。左梦庚惊恐万分，不断向南京马士英送来求救文书。可如今的马士英哪有兵力可以派遣。
内忧外患，让马士英心力交瘁。
可远在庐州的黄得功又在这个时候往马士英的心上狠狠插了一刀。
二月初十的时候，黄得功宣布起兵反正，与湖广兵备道黄公辅一同进兵武昌，截断了左梦庚的归路。马士英闻听，顿时吐血不止。
